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pages.zh/common/samtools.md

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+# samtools
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+> 处理高通量测序（基因组学）数据的工具。
+> 用于读取/写入/编辑/索引/查看SAM/BAM/CRAM格式的数据。
+> 更多信息：<https://www.htslib.org>。
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+- 将SAM输入文件转换为BAM流并保存到文件：
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+`samtools view -S -b {{input.sam}} > {{output.bam}}`
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+- 从`stdin`（-）获取输入，并将SAM头和任何与特定区域重叠的读取打印到`stdout`：
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+`{{other_command}} | samtools view -h - chromosome:start-end`
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+- 对文件进行排序并保存为BAM（输出格式会根据输出文件的扩展名自动确定）：
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+`samtools sort {{input}} -o {{output.bam}}`
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+- 为已排序的BAM文件建立索引（创建`sorted_input.bam.bai`）：
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+`samtools index {{sorted_input.bam}}`
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+- 打印文件的比对统计信息：
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+`samtools flagstat {{sorted_input}}`
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+- 计算每个索引（染色体/连锁群）的比对数：
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+`samtools idxstats {{sorted_indexed_input}}`
+
+- 合并多个文件：
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+`samtools merge {{output}} {{input1 input2 ...}}`
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+- 根据读取组拆分输入文件：
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+`samtools split {{merged_input}}`