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pages.it/*: update path placeholders and "directory" translations (#9031)

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- Replace "al" -> "del", "alla" -> "della", etc. in command paths
- Replace all instances of "cartella" with "directory"
- Update contributing-guides/translation-templates/common-arguments.md to
  reflect these changes

Co-authored-by: marchersimon <50295997+marchersimon@users.noreply.github.com>
Co-authored-by: Marco Bonelli <marco@mebeim.net>
Co-authored-by: K.B.Dharun Krishna <kbdharunkrishna@gmail.com>
This commit is contained in:
Francesco Franchina
2022-10-20 15:26:58 +02:00
committed by GitHub
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commit 28c4d26221
137 changed files with 402 additions and 402 deletions
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12
pages.it/common/bedtools.md
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@@ -6,24 +6,24 @@
- Interseca i fili genetici delle sequenze contenute in due file diversi e salva il risultato:
`bedtools intersect -a {{percorso/al/file_1}} -b {{percorso/al/file_2}} -s > {{percorso/al/file_output}}`
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file_1}} -b {{percorso/del/file_2}} -s > {{percorso/del/file_output}}`
- Interseca due file unendo il risultato a sinistra, ovvero riporta ogni feature da {{file_1}} e NULL dove non c'è sovrapposizione con {{file_2}}:
`bedtools intersect -a {{percorso/al/file_1}} -b {{percorso/al/file_2}} -lof > {{percorso/al/file_output}}`
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file_1}} -b {{percorso/del/file_2}} -lof > {{percorso/del/file_output}}`
- Usa un algoritmo più efficiente per intersecare due file precedentemente ordinati:
`bedtools intersect -a {{percorso/al/file_1}} -b {{percorso/al/file_2}} -sorted > {{percorso/al/file_output}}`
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file_1}} -b {{percorso/del/file_2}} -sorted > {{percorso/del/file_output}}`
- Raggruppa file in base alle prime tre e la quinta colonna e raggruppa la sesta colonna sommandola:
`bedtools groupby -i {{percorso/al/file}} -c 1-3,5 -g 6 -o sum`
`bedtools groupby -i {{percorso/del/file}} -c 1-3,5 -g 6 -o sum`
- Converti da formato BAM a BED:
`bedtools bamtobed -i {{percorso/al/file}}.bam > {{percorso/al/file}}.bed`
`bedtools bamtobed -i {{percorso/del/file}}.bam > {{percorso/del/file}}.bed`
- Trova per tutte le proprietà in {{file_1}} la più vicina in {{file_2}} e scrivi la loro distanza in una ulteriore colonna (i file in input devono essere ordinati):
`bedtools closest -a {{percorso/al/file_1}}.bed -b {{percorso/al/file_2}}.bed -d`
`bedtools closest -a {{percorso/del/file_1}}.bed -b {{percorso/del/file_2}}.bed -d`