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Lena
2023-11-12 04:08:58 +01:00
committed by GitHub
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commit 8da5a29a70
29 changed files with 63 additions and 63 deletions
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14
pages.it/common/bedtools.md
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@@ -6,15 +6,15 @@
- Interseca i fili genetici delle sequenze contenute in due file diversi e salva il risultato:
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file_1}} -b {{percorso/del/file_2}} -s > {{percorso/del/file_output}}`
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -s > {{percorso/del/file_output}}`
- Interseca due file unendo il risultato a sinistra, ovvero riporta ogni feature da {{file_1}} e NULL dove non c'è sovrapposizione con {{file_2}}:
- Interseca due file unendo il risultato a sinistra, ovvero riporta ogni feature da `file1` e NULL dove non c'è sovrapposizione con `file2`:
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file_1}} -b {{percorso/del/file_2}} -lof > {{percorso/del/file_output}}`
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -lof > {{percorso/del/file_output}}`
- Usa un algoritmo più efficiente per intersecare due file precedentemente ordinati:
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file_1}} -b {{percorso/del/file_2}} -sorted > {{percorso/del/file_output}}`
`bedtools intersect -a {{percorso/del/file1}} -b {{percorso/del/file2}} -sorted > {{percorso/del/file_output}}`
- Raggruppa file in base alle prime tre e la quinta colonna e raggruppa la sesta colonna sommandola:
@@ -22,8 +22,8 @@
- Converti da formato BAM a BED:
`bedtools bamtobed -i {{percorso/del/file}}.bam > {{percorso/del/file}}.bed`
`bedtools bamtobed -i {{percorso/del/file.bam}} > {{percorso/del/file.bed}}`
- Trova per tutte le proprietà in {{file_1}} la più vicina in {{file_2}} e scrivi la loro distanza in una ulteriore colonna (i file in input devono essere ordinati):
- Trova per tutte le proprietà in `file1` la più vicina in `file2` e scrivi la loro distanza in una ulteriore colonna (i file in input devono essere ordinati):
`bedtools closest -a {{percorso/del/file_1}}.bed -b {{percorso/del/file_2}}.bed -d`
`bedtools closest -a {{percorso/del/file1.bed}} -b {{percorso/del/file2.bed}} -d`

4
pages.it/linux/i3.md
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@@ -16,9 +16,9 @@
`Super + Shift + {{numero}}`
- Salta a workspace {{numero}}:
- Salta a workspace numero `n`:
`Super + {{numero}}`
`Super + {{n}}`
- Per il prossimo nuovo, dividi orizzontalmente: