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pages.ko/common/bedtools.md

@@ -5,15 +5,15 @@
 
 - sequence의 strand를 기준으로 두개의 파일을 교차하고 결과를 `path/to/output_file`의 경로에 저장:
 
-`bedtools intersect -a {{path/to/file_1}} -b {{path/to/file_2}} -s > {{path/to/output_file}}`
+`bedtools intersect -a {{path/to/file1}} -b {{path/to/file2}} -s > {{path/to/output_file}}`
 
-- 외부 조인이 왼쪽인 두개의 파일을 교차, 예시. `file_1`에서 각 기능을 보고하고 `file_2`와 겹치지 않으면 NULL:
+- 외부 조인이 왼쪽인 두개의 파일을 교차, 예시. `file1`에서 각 기능을 보고하고 `file2`와 겹치지 않으면 NULL:
 
-`bedtools intersect -a {{path/to/file_1}} -b {{path/to/file_2}} -lof > {{path/to/output_file}}`
+`bedtools intersect -a {{path/to/file1}} -b {{path/to/file2}} -lof > {{path/to/output_file}}`
 
 - 더 효율적인 알고리즘을 사용하여 두개의 사전 정렬된 파일을 교차:
 
-`bedtools intersect -a {{path/to/file_1}} -b {{path/to/file_2}} -sorted > {{path/to/output_file}}`
+`bedtools intersect -a {{path/to/file1}} -b {{path/to/file2}} -sorted > {{path/to/output_file}}`
 
 - 첫 3열과 5열을 기준으로 `path/to/file`을 그룹화하여 6열을 요약:
 
@@ -21,8 +21,8 @@
 
 - bam-formated 파일을 bed-formated 파일로 변환:
 
-`bedtools bamtobed -i {{path/to/file}}.bam > {{path/to/file}}.bed`
+`bedtools bamtobed -i {{path/to/file.bam}} > {{path/to/file.bed}}`
 
-- `file_2.bed`와 가장 가까운 `file_1.bed`에서의 모든 기능을 찾고,그들의 거리와 추가 열을 기록 (입력 파일 정렬 필요):
+- `file_2.bed`와 가장 가까운 `file1.bed`에서의 모든 기능을 찾고,그들의 거리와 추가 열을 기록 (입력 파일 정렬 필요):
 
-`bedtools closest -a {{path/to/file_1}}.bed -b {{path/to/file_2}}.bed -d`
+`bedtools closest -a {{path/to/file1.bed}} -b {{path/to/file2.bed}} -d`