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samtools

处理高通量测序（基因组学）数据的工具。 用于读取/写入/编辑/索引/查看SAM/BAM/CRAM格式的数据。 更多信息：https://www.htslib.org。

• 将SAM输入文件转换为BAM流并保存到文件：

samtools view -S -b {{input.sam}} > {{output.bam}}

• 从stdin（-）获取输入，并将SAM头和任何与特定区域重叠的读取打印到stdout：

{{other_command}} | samtools view -h - chromosome:start-end

• 对文件进行排序并保存为BAM（输出格式会根据输出文件的扩展名自动确定）：

samtools sort {{input}} -o {{output.bam}}

• 为已排序的BAM文件建立索引（创建sorted_input.bam.bai）：

samtools index {{sorted_input.bam}}

• 打印文件的比对统计信息：

samtools flagstat {{sorted_input}}

• 计算每个索引（染色体/连锁群）的比对数：

samtools idxstats {{sorted_indexed_input}}

• 合并多个文件：

samtools merge {{output}} {{input1 input2 ...}}

• 根据读取组拆分输入文件：

samtools split {{merged_input}}