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blastp

蛋白质-蛋白质 BLAST。 更多信息：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK279684/table/appendices.T.blastp_application_options/。

• 使用 blastp 对两个或多个序列进行比对，e-value 阈值为 1e-9，成对输出格式，输出到屏幕：

blastp -query {{query.fa}} -subject {{subject.fa}} -evalue {{1e-9}}

• 使用 blastp-fast 对两个或多个序列进行比对：

blastp -task blastp-fast -query {{query.fa}} -subject {{subject.fa}}

• 对两个或多个序列进行比对，自定义制表输出格式，输出到文件：

blastp -query {{query.fa}} -subject {{subject.fa}} -outfmt '{{6 qseqid qlen qstart qend sseqid slen sstart send bitscore evalue pident}}' -out {{output.tsv}}

• 使用蛋白质查询在蛋白质数据库中搜索，BLAST 搜索中使用 16 个线程，最多保留 10 个比对序列：

blastp -query {{query.fa}} -db {{blast_database_name}} -num_threads {{16}} -max_target_seqs {{10}}

• 使用蛋白质查询在远程非冗余蛋白质数据库中搜索：

blastp -query {{query.fa}} -db {{nr}} -remote

• 显示帮助（使用 -help 获取详细帮助）：

blastp -h