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mashtree

从基因组生成快速树。 不生成系统发育树。 更多信息：https://github.com/lskatz/mashtree。

• 使用多个线程从fastq和/或fasta文件创建树的mashtree最快方法，输出到newick文件：

mashtree --numcpus {{12}} {{*.fastq.gz}} {{*.fasta}} > {{mashtree.dnd}}

• 使用多个线程从fastq和/或fasta文件创建树的mashtree最准确方法，输出到newick文件：

mashtree --mindepth {{0}} --numcpus {{12}} {{*.fastq.gz}} {{*.fasta}} > {{mashtree.dnd}}

• 创建带有置信值的树的最准确方法（请注意，任何mashtree本身的选项必须位于--的右侧）：

mashtree_bootstrap.pl --reps {{100}} --numcpus {{12}} {{*.fastq.gz}} -- --min-depth {{0}} > {{mashtree.bootstrap.dnd}}