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nextclade
用于病毒基因组比对、谱系分配和质量检查的生物信息学工具。 更多信息：https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/nextclade-cli/index.html。
- 将序列比对到用户提供的[r]eference，并将比对结果输出到文件：
nextclade run {{path/to/sequences.fa}} -r {{path/to/reference.fa}} -o {{path/to/alignment.fa}}
- 创建[t]SV报告，自动下载最新[d]ataset：
nextclade run {{path/to/fasta}} -d {{dataset_name}} -t {{path/to/report.tsv}}
- 列出所有可用的数据集：
nextclade dataset list
- 下载最新的SARS-CoV-2数据集：
nextclade dataset get --name sars-cov-2 --output-dir {{path/to/directory}}
- 使用下载的数据集[D]ataset，生成所有[O]utputs：
nextclade run -D {{path/to/dataset_dir}} -O {{path/to/output_dir}} {{path/to/sequences.fasta}}
- 在多个文件上运行：
nextclade run -d {{dataset_name}} -t {{path/to/output_tsv}} -- {{path/to/input_fasta_1 path/to/input_fasta_2 ...}}
- 如果序列未能比对，尝试反向互补：
nextclade run --retry-reverse-complement -d {{dataset_name}} -t {{path/to/output_tsv}} {{path/to/input_fasta}}