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# nextclade
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> 用于病毒基因组比对、谱系分配和质量检查的生物信息学工具。
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> 更多信息：<https://docs.nextstrain.org/projects/nextclade/en/stable/user/nextclade-cli/index.html>。
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- 将序列比对到用户提供的[r]eference，并将比对结果输出到文件：
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`nextclade run {{path/to/sequences.fa}} -r {{path/to/reference.fa}} -o {{path/to/alignment.fa}}`
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- 创建[t]SV报告，自动下载最新[d]ataset：
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`nextclade run {{path/to/fasta}} -d {{dataset_name}} -t {{path/to/report.tsv}}`
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- 列出所有可用的数据集：
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`nextclade dataset list`
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- 下载最新的SARS-CoV-2数据集：
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`nextclade dataset get --name sars-cov-2 --output-dir {{path/to/directory}}`
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- 使用下载的数据集[D]ataset，生成所有[O]utputs：
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`nextclade run -D {{path/to/dataset_dir}} -O {{path/to/output_dir}} {{path/to/sequences.fasta}}`
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- 在多个文件上运行：
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`nextclade run -d {{dataset_name}} -t {{path/to/output_tsv}} -- {{path/to/input_fasta_1 path/to/input_fasta_2 ...}}`
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- 如果序列未能比对，尝试反向互补：
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`nextclade run --retry-reverse-complement -d {{dataset_name}} -t {{path/to/output_tsv}} {{path/to/input_fasta}}` |