tldr/pages.zh/common/nextflow.md

nextflow

运行计算管道。主要用于生物信息学工作流。 更多信息：https://www.nextflow.io。

• 运行管道，使用之前运行的缓存结果：

nextflow run {{main.nf}} -resume

• 从 GitHub 运行远程工作流的特定版本：

nextflow run {{user/repo}} -revision {{release_tag}}

• 使用给定的工作目录保存中间文件，保存执行报告：

nextflow run {{workflow}} -work-dir {{path/to/directory}} -with-report {{report.html}}

• 显示当前目录中之前运行的详细信息：

nextflow log

• 删除特定运行的缓存和中间文件：

nextflow clean -force {{run_name}}

• 列出所有已下载的项目：

nextflow list

• 从 Bitbucket 拉取远程工作流的最新版本：

nextflow pull {{user/repo}} -hub bitbucket

• 更新 Nextflow：

nextflow self-update