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treetime

TreeTime 提供了祖先序列重建和分子钟系统发育推断的例程。 更多信息：https://treetime.readthedocs.io/en/latest/tutorials.html。

• 推断最大化联合或边际似然的祖先序列：

treetime ancestral

• 分析重复突变的模式，也称为同源性：

treetime homoplasy

• 估计分子钟参数并重新根植树形：

treetime clock

• 将离散特征（如宿主或国家）映射到树上：

treetime mugration